SGPC ਨੂੰ ਉਸ ਸਮੇਂ ਵੱਡਾ ਝਟਕਾ ਲੱਗਿਆ ਜਦੋਂ ਸੁਪਰੀਮ ਕੋਰਟ ਨੇ ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਵਲੋਂ ਹਰਿਆਣਾ ਸਿੱਖ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਦੇ ਪ੍ਰਬੰਧ ਨੂੰ ਲੈ ਕੇ ਦਾਖਲ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸਮੀਖਿਆ ਪਟੀਸ਼ਨ ਨੂੰ ਖਾਰਜ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਹੈ। ਅਦਾਲਤ ਨੇ ਐਚਐਸਜੀਪੀਸੀ ਐਕਟ 2014 ਦੀ ਮਾਨਤਾ ਦੇ ਫੈਸਲੇ ਨੂੰ ਬਰਕਰਾਰ ਰੱਖਿਆ ਹੈ। ਐਕਟ ਤਹਿਤ ਸੂਬੇ ਦੇ ਗੁਰਦੁਆਰਿਆਂ ਦੇ ਪ੍ਰਬੰਧਾਂ ਨੂੰ ਚਲਾਉਣ ਲਈ ਵੱਖਰੀ ਕਮੇਟੀ ਦਾ ਗਠਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਸੁਪਰੀਮ ਕੋਰਟ ਨੇ 2014 ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਦੇ ਮੈਂਬਰ ਹਰਭਜਨ ਸਿੰਘ ਵੱਲੋਂ ਦਾਇਰ ਇੱਕ ਰਿੱਟ ਪਟੀਸ਼ਨ ‘ਤੇ ਫੈਸਲਾ ਸੁਣਾਇਆ। ਸੁਪਰੀਮ ਕੋਰਟ ਨੇ ਇਸ ਦਲੀਲ ਨੂੰ ਰੱਦ ਕਰ ਦਿੱਤਾ ਕਿ ਹਰਿਆਣਾ ਸਰਕਾਰ, ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਦੁਆਰਾ ਚਲਾਏ ਜਾਂਦੇ ਗੁਰਦੁਆਰਿਆਂ ‘ਤੇ ਕਬਜ਼ਾ ਕਰਨਾ ਚਾਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਸਾਲ 2019 ਵਿੱਚ ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਨੇ ਵੀ ਇਸ ਐਕਟ ਨੂੰ ਚੁਣੌਤੀ ਦੇਣ ਵਾਲੀ ਪਟੀਸ਼ਨ ਦਾਇਰ ਕੀਤੀ ਸੀ। ਪਟੀਸ਼ਨਕਰਤਾ ਨੇ ਹਰਿਆਣਾ ਦੇ ਕਾਨੂੰਨ ਨੂੰ ਚੁਣੌਤੀ ਦਿੰਦਿਆਂ ਦਲੀਲ ਦਿੱਤੀ ਕਿ ਰਾਜ ਵਿਧਾਨ ਸਭਾ ਕੋਲ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧ ਲਈ ਇਕ ਸੰਸਥਾ ਬਣਾਉਣ ਦੀ ਸ਼ਕਤੀ ਨਹੀਂ ਹੈ, ਜੋ ਸੰਸਦ ਲਈ ਰਾਖਵੀਂ ਸ਼ਕਤੀ ਸੀ।